西汉时属益州郡，东汉时属永昌郡，蜀汉时属云南郡，唐初属阳瓜州，南诏时属蒙舍赕，宋时属天水郡。元忽必烈至元十二年（1275年）始建县，称名定边县，属镇南州。至元二十四年(1287年)革定边县改为乡，仍属镇南州。明洪武十七年（1384年）复置定边县，属楚雄府。清雍正七年(1729年)裁定边县，归蒙化府。民国属蒙化县。中华人民共和国成立后,1950-1960年属巍山县。1961年10月由巍山县分出筹建南涧县。1963年9月，经国务院批准设立南涧县，1965年11月27日成立南涧彝族自治县。

    “十五”以来，南涧县进一步加大交通基础设施建设力度，强化交通行业管理，交通状况不断改善。目前，县乡公路等级不断提高，境内公路总里程达2469公里，所有行政村通公路，村组公路通路率达87%。马安、巍南、岔小公路建设工程全面完工，公民、沙乐、无量等一批县乡弹石路建设全面完工；建成了两个农村五级客运站和3个码头停靠点；新修村组公路830公里；投资2614万元的农村公路通达、通畅工程建设进展顺利。基本形成了以过境干线公路为骨架，县乡公路为脉络，乡村道路相连通的交通网络，便利的交通，有力地促进了南涧县经济社会的全面发展。境内交通基础设施的改善，促进了道路运输业的快速发展。全县8个乡镇均开通了客运班车，县城开往各地的客运车辆中巴车日发班次达121次，已统一规范进站、从事旅客运输经营的微型车95辆，客运市场日益活跃；境内“四线一站”工程的实施，加快了物流周转运输，货运事业蓬勃发展，扩大了南涧对外宣传和开放的力度，交通运输经济日趋繁荣。