2000年，东元电机总部从台北市中山区松江路“东元大楼”迁入台北市南港区南港软件工业园区，另成立台湾宅配通。2001年，东元电机成立东元激光科技，生产电致发光显示器ELD。2002年，东元电机发表新版企业识别系统CIS，启用第二代商标；东元集团整合为六大事业群。2003年，东元电机正式合并台安电机，“无锡东元电机”正式启用投产。2004年，东元电机成立“江西东元电机有限公司”。2005年，东元电机与安川电机合资于日本福冈县北九州市成立东元安川马达。2005年3月6日，东元电机董事长黄茂雄在东元电机2005年经销商大会上宣布成立安悦电气，定位为社区型3C通路，是台湾第一个以加盟连锁方式推广的3C通路。2005年5月17日，菱光科技股票上市。2006年，东元电机取得伊莱克斯滚筒洗衣机台湾总代理权，东元电机成立“安台创新科技厦门有限公司”，江西东元厂区落成启用。2007年，东元电机成功研发2MW风力发电机，另成立“福建东元精工有限公司”与“青岛东元精密机电有限公司”。

台湾东元电机目前是台湾最大的重电厂商，目前营收为马达及电控等重电业务贡献超过七成，家电占二成，同时为台湾高铁公司与远通电收的发起股东之一。东元电机前任董事长黄茂雄在林长城治丧礼拜仪式说：“林长城过去在东元担任厂长时，虽然被东元员工称为‘阎罗王’；不过林长城过去以来，对员工所树立‘品质第一、交期第二、价格与获利第三’的要求，才会造就东元今日‘马达王国’的地位。”