昔日该乡称为石碇堡，隶属淡水厅。日据时代全乡划分石碇、格头、枫于林三区，1920年实施地方制度，三区合并一庄，置庄长，设庄役场于石碇，并设协议会，谘问施政，隶台北州文山郡；全庄划分十五保，各置保正一人，执行基层行政。至1945年8月台湾省光复，由台北州接管委员会接管后，改称石碇乡，行政区域就原有十五保改为十一村，分辖140邻。至1953年，再划分为十四村，至1975年8月，原玉桂村因人口他迁转业，不符设村条件，合并丰田村。

　　石碇乡目前行政区域划分为石碇、潭边、乌涂、彭山、丰田、隆盛、丰林、中民、永定、光明、格头、永安等十二村，共107邻。