元至元二十九年（1292年），在区境南部建立上海县署；清道光二十五年（1845年），区境北部先后开辟为英租界和法租界，开始有“南市”、“北市”之说。1927年7月上海特别市政府成立后，南市老城厢地区划入沪南区管辖。在1937年“八一三”抗战爆发后的沦陷时期，沪南区改称为南市区。

1945年抗战胜利后，区境为上海第一区（黄浦）、第二区（老闸）、第三区（邑庙）、第四区（蓬莱）。当时上海市政府将全市分设30个区，第一区因濒临黄浦江，又以江名黄浦为区名，这是黄浦区得名之始。南市老城厢地区划为邑庙区、蓬莱区。1949年5月上海解放后，两区分别接管，并建立区人民政府，1959年12月邑庙、蓬莱两区合并为南市区。1956年，黄浦、老闸两区合并为黄浦区；1959年，邑庙、蓬莱两区合并为南市区；1993年，黄浦区、南市区原浦东地区划归浦东新区。2000年，黄浦、南市两区拆二建一，成立新的黄浦区。黄浦区委、区政府驻地：延安东路300号。

“黄浦”的地名得名于“黄浦江”：黄浦江，南宋名“黄浦”，清代始称“黄浦江”，源自今上海市西部淀山湖，流经十一区，至北部吴淞口注入长江，为上海最大的河流，被誉为上海的“母亲河”。1945年建区时，以境东河名命名为“黄浦区”。