东关清真大寺始建于公元1380年左右的明洪武年间，在青海省内规模最大，历史悠久，与西北地区著名的西安化觉寺、兰州桥门寺、新疆喀什艾提卡尔清真寺并称为西北四大清真寺。据现存寺内的《重建西宁大寺碑记》（1914年5月立）和《重建西宁东关大寺碑记》（1948年8月立）两块碑文记载，可以看出这座大寺已经具有600多年的历史。它是一座融塔、墙、殿为一体的伊斯兰建筑，正中的礼拜大殿为全寺最大的建筑物,占地1102平方米。整个建筑式样别致，结构分明，每逢礼拜、三大宗教节日，数以万计的穆斯林汇集在此举行隆重的聚礼活动。东关清真大寺是伊斯兰经学研究的最高学府，在海内外享有盛誉。
东关清真大寺是西宁市一座规模最大，保存最为完整的古代建筑。是青海省目前最大的伊斯兰教寺院，也是西北地区四大清真寺之一。该寺坐落在西宁市东关大街，洪武年间，明太祖朱元璋分封铺佐他开国有功的回族将领沐英为西平侯，镇守今甘青地区。当时明王朝通过屯兵、移民等一系列实边措施，居住西宁的穆斯林居民日渐增多。为了适应广大穆斯林宗教生活的需要，沐英应回族上层及宗教人士的请求，并奏请朝廷允准，在回族聚居的东关地区动工修建清真寺。不久，一座占地面积达28000平方米，修有2000余平方米的大殿，两个宣礼塔、一座碑亭院及一些辅助建筑物的清真大寺，在今西宁东关大街拔地而起。
至清咸丰、同治年间，西宁等地的回族先后加入到全国反清大起义的行列之中，西宁遂成为这一带回族撒拉族起义军的大本营。同治十二年，左宗棠率军队进行镇压，东关大寺及所藏石碑、圣旨等文物均毁于一旦。光绪二十一年（公元1895年），河湟地区又发生了震惊清王朝的“河湟事件”，西宁东关清真大寺的命运正如《碑记》所言：“屡经兵燹，其地遂废”，“后来屡议兴复，卒以不得地基而止”。
辛亥革命以后，甘肃河州（今临夏）的马麒任甘边宁海镇守使。他到任不久即于民国2年5月，亲自“捐资为倡”，募集白银万两，重新在被毁的废墟上动工修建清真大寺。一年后，一座初具规模的大寺又告建成，计建有：大殿5间，宣礼塔3层，东厅5间，北厅9间，南厅浴室3间，寺门3间，还有厨房，餐厅等。
西宁东关清真大寺占地总面积为13602平方米，建筑物雄伟壮观，具有中国古老的建筑艺术和伊斯兰教特色。大寺的原正门，即“前三门”，座南朝北，是一大两小的绿色西式大门，高十米，宽为十五米，门顶横幅匾额上镶有金光闪闪的“西宁东关清真大寺”八个大字（前三门现处在清真大寺临街楼房之前）。
该寺已有500多年的历史。该寺正中是可以容纳3000人进行礼拜的大殿，面积约1102平方米。大殿上装饰有金光灿灿的藏式馏金宝瓶。据说，这只宝瓶是大殿修成后，由甘肃拉卜楞寺的僧众集资捐送的，为国内清真寺所仅有。大殿内的几根巨大的柱子，则是由互助佑宁寺从寺院的松树林中挑选赠送的。此大殿为中国古代宫殿式建筑，纯系砖木结构。建筑坚固，结构严谨，外形宏伟壮观，内部清静素雅。大殿南北两侧是两座两层的厢楼，为歇山式建筑。大殿和厢楼紧相毗邻，浑为一体，十分协调。这三座建筑是该寺主体，也是寺内的精华所在。整个建筑飞檐斗拱，雕梁画栋，描金涂彩，显得艳丽华贵，蔚为壮观。大殿前和厢楼之间是一块占地约2.8万平方米的广场。场内铺着青石板，石板虽大小不一，形状各异，但却巧排密布，平整如镜，不露泥土。因此，晴天无尘埃，雨天无泥泞。
广场外，是花岗岩巨石砌成的前三门，三门高约五丈，宽约七丈，显得古朴庄重，雄伟崇宏。三门两侧耸立着两座高大的鸣经楼，也叫喧礼塔。塔顶装饰有两个非常精致的小经筒，据说是湟中塔尔寺赠送的宝物。出去前三门，是一个三角形的小院。出了小院便是临街的西式大门，门顶上方，嵌有"东关清真大寺"六个金光闪烁的大字，同鹅黄色的大门溶为一色，赏心悦目，格外雅观。
1997年西宁市政府决定对其进行改造，并于
该寺自建成以来，一直是西宁地区广大穆斯林礼拜和集会的重要场所。每逢主麻日和尔德节，附近伊斯兰教信徒，纷纷来到这里礼拜，少则上千人，多则上万人。解放以后，人民政府曾多次拨出专款进行修缮，使这座寺院不断放射出绮丽的色彩。现在，该寺为四方人士游览的重要场所。每年都有大批中外游人到此观光。
东关清真大寺，不仅是广大穆斯林群众宗教活动场所，而且也是伊斯兰经学研究的最高学府。民国以来，伊斯兰教伊赫瓦尼教派的创始人及其继承人，将该寺作为海乙寺（即中心寺）。培养造就了一大批伊斯兰教学者。甘青近千座清真寺的开学阿訇，由该寺选派或认可，因而在海内外享有声誉。
