此外,摩境内建有6个自由经济特区。特区拥有独立的海关,区内实行特殊的关税、税收、外汇、签证和劳务制度。特区内可以从事出口产品的生产,过境商品的分类、贴标、包装和类似业务,以及为完成上述工作所必需的公共服务、仓储、建筑、供电等业务。特区内企业享受的优惠是:出口税减半,出口以外的收入税减75%;投资100万美元以上的企业3年免征所得税,投资500万美元以上的企业5年免征所得税。
2006年摩已获得欧盟特殊普惠制(GSP+),其80%的商品享受免关税进入欧盟市场的待遇,与独联体主要国家实行自由贸易,与东南欧国家签订了自由贸易协定。目前在摩尔多瓦开展对外经贸活动的条件更为便利,投资环境日趋改善。