国家税务和海关总局将取代原税务总署和海关总署并归属于国家经济部。它在全国范围内具有行政管理和执法职能，组织机构分为中央、地区和州三级。但在地区和州级机构中，国家税务和海关总局的税务和海关部门是相对独立的。

　　一、中央机构设置

国家税务和海关总局的中央机构由五个部门构成，即中央办公室、刑事总司、信息技术中心、IT和通信综合中心、培训保健中心。

　　二、地方税务机构设置

　　国家税务和海关总局的地区和州级税务机构设置为：

　　地区机构：地区税务局、专属事务和纳税人税务局（KAFIG）。州级机构：州级税务局和布达佩斯税务局、专属事务税务局（KUIG）、专属纳税人税务局（KAIG）。

　　地区税务局将继续行使原来的税收职能。一个显著变化是地区税务局在职责范围内的税收事务不再受税收额度的限制。专属事务税务局和专属纳税人税务局是专属事务和纳税人税务局的分支机构。专属事务税务局负责非居民纳税人退税、向负责财政的议员汇报、在匈牙利从事商业活动但未设立分支机构的外国公司的税务等问题。专属纳税人税务局将承担原税务总局中央办公室决定公平价格的职能。

　　三、地方海关机构设置

　　国家税务和海关总局地区及州级海关机构设置为：

　　地区机构：地区海关、机场海关、施工现场海关和专家机构。州级机构：州级海关和布达佩斯海关、专属事务和纳税人海关（K****IG）、机场海关一处、机场海关二处、巡查局、安全和支持局。

　　根据新条例，地区审计中心等机构将被取消，并新设北布达佩斯海关等机构。此外，海关机构的总管辖权和特别管辖权也有很大调整。除重组负责关税的部门外，专属事务和纳税人海关将变为类似专属事务和纳税人税务局的机构。海关总署化学分析机构于2011年1月1日撤消，其职能由新设的专家机构承担。另外，公司或个人仍然可以通过匈牙利海关总署和税务总署的网站登陆使用“中央电子服务系统”。