比利时的海关监管办法与欧盟其他国家一致。为了简化单证便利贸易，并使海关数据电脑化，欧盟颁布了一项统一规定。自1998年1月1日起，出口、转口和进口的海关申报统一使用“统一管理单证文本”（The Single Administrative Document，简称SAD）。SAD代替了以前由不同成员国签发的用于确认出口、进口和转口商品的大量文件。文中包含了一切按欧盟有关法规规定统一标准的所有信息。

在比利时任何一个海关办公室都可通过SADBEL系统进行信息加工。此系统有一个重要特点，即报关信息可以直接从报关人的厂房或仓库传输到海关的计算机上。SAD也适用于欧盟与欧洲自由贸易联盟国家（EFTA）的清关业务。对于铁路运输CIM（铁路货运国际协议）单据文本可以替代SAD文本（手续更加简便）。公路运输则采用TIR网络，即国际公路运输服务协议进行欧盟内外货物运输业务。大多数西欧国家和一些中、东欧国家利用这一协议。

为了便利贸易，比利时海关简化通关手续，根据新的海关规定，从欧盟之外进口的货物可以直接运到进口工厂的库内清关。同样，出口货物也可以在工厂厂房内进行报关。在此情况下，发票或发货单即可替代正式的海关单据。凡是附合条件的公司可以得到授权享受上述优惠。这使进出口企业节省了大量时间，使进出口手续简化到最低限度。

在比利时设立的众多分销公司在海关授权下，可使用简化程序报关。比利时拥有各类海关仓库，其中私人仓库最适合分拨、分销。如果货物寄存在私人仓库中，既不需交纳海关关税，也不需交纳增值税和消费税。但在私人仓库存放的货物，须由海关批准，商品代码和货值须在存放时予以申报。货物出库时可以采用简化手续办理清关业务。

此外，对于来料加工，可以申请免税。免税方式有两种：一是暂不支付方式，即在进口时暂不支付关税和增值税，保证在一定期限内把加工过的产品再出口。二是退税方式，在进口时先缴纳关税和增值税，在加工产品再出口时可申请退关税，增值税则通过支付??抵扣会计制度自动免除。海关对加工过程的监管和系统的运行可以通过企业的会计记录进行。因此，享有授权的厂商每季度需向海关报送履行货单。

比利时对部分进出口货物实行许可证制度。需要进口许可证的是一些产地不明和列入专门清单的货物，需要出口许可证的是一些战略性物资和专门列入清单的货物。