珲春出口加工区于 2000年4月27日经国务院以国办函[2000]37号文件正式批准设立了吉林珲春出口加工区，是国务院首批设立的全国15个出口加工区之一，也是全国14个沿边开放城市中获得批准的一家。国务院设立出口加工区实行“境内关外”管理模式旨在加强与完善加工贸易管理，规范海关对出口加工区的监管，促进出口加工区的健康发展，鼓励外贸出口。出口加工区是经国家批准设立，由海关监管的特殊封闭区域。货物从境内区外进出加工区视同进口和出口，海关按进出口货物进行监管。出口加工区的功能比较专一，主要是开展出口加工业务，区内企业生产的最终产品，应基本上都是直接出口的。
    根据延州发[2000]32文规定，珲春出口加工区管理委员会，本着精干、高效的原则，在珲春边境经济合作区加挂珲春出口加工区管理委员会的牌子，一套牌子，两块牌子，代表市政府对加工区经济和行政事务实行统一领导和管理。出口加工区管委会主任由合作区管委会主任兼任。珲春出口加工区管理委员会依照国家法律、法规对出口加工区的规划、建设、发展等行政、经济各项事务实施管理。下设出口加工区管理局。出口加工区管理局是出口加工区的职能工作部门，主要负责出口加工区内的行政管理、业务管理、招商引资和综合协调工作，是正科级建制。
2008年加工区内注册企业数44户，完成进出口总额11345万美元（其中：进口5116万美元，出口6018万美元），同比增长224%。
    经济发展科：
1 负责编制经济发展规划和产业发展规划，经批准后组织实施。
2 负责招商引资工作。筛选推出重点招商项目，参与项目洽谈，提供政策咨询。
3 负责进区项目的会审及审批。
4 根据上级有关部门的授权，负责进区内企业的进出口经营范围的审批及报批。
5 负责进出口设备、货物、物品及区内企业加工产品内销的审批及废品销毁审批。
6 负责区内企业的投资跟踪服务工作。
    投资促进科：
1 负责全程为投资企业领办、代办项目相关审批手续。
2 负责客商咨询工作，向客商介绍、说明投资审批所须前置要建的基本要求。
3 负责区内各企业统计资料的汇总，并上报有关部门。
4 负责区内企业的经营跟踪服务及安全工作生产。
    综合管理科
1 根据海关总署《关于对出口加工区管理委员会权利、义务和责任的规定(讨论稿)》制定具体管理措施。
2 负责对区内企业进行国家法律、法规和有关规定的宣传教育。
3 根据国家有关政策对出口加工区实施行政管理。配合、支持海关监管和检验检疫工作，协调区内各方关系。
4 负责对外宣传工作。定期向管委会和上级有关部门报送信息负  责编写出口加工区动态。
5 负责全局的党务和全团工作以及文秘、档案、后勤管理工作。
    安检中队
1 负责区内公共建设设施管理和绿化工作，做好区内企业的物业管理。
2 配合公安、消防部门做好社会治安、安全防火等工作 。
3 配合海关做好车辆、货物、人员进出卡口的检验 、放验工作，并做好登记备案工作。