南京经济技术开发区（原名南京新港工业区）成立于1992年9月18日，1993年11月经江苏省政府批准为省级开发区。2002年3月15日经国务院批准为国家级经济技术开发区。2003年3月10日，国务院批准在开发区内设立国家级南京出口加工区。2003年7月1日，开发区管委会顺利通过ISO14001环境管理体系认证。
开发区位于南京市东北郊，紧临中国内河第一大港——南京港新生圩外贸港区和南京长江二桥，距市区5公里，规划面积13.37平方公里（含乌龙山风景区）。区内设有工业、保税仓储、金融贸易和综合服务4个功能区。开发区所依托的栖霞区面积340平方公里，拥有沿江岸线84公里，是南京重要的石化、汽车、电子、建材工业区和企业、资金、人才、技术密集区，为开发区发展提供了广阔的腹地。与开发区毗邻的仙林大学城面积47平方公里，由大学集中区、科技产业区和高档生活区组成，环境优美，文化氛围浓厚，拥有众多高等院校、科研机构和其他文化事业团体，是现代信息传播平台和国内最大的数码港之一，为开发区提供了强大的人才和智力支持。开发区建设的指导思想是：以港口为依托，国际经贸为先导，以先进技术产业为基础，兴办出口创汇企业为重点，坚持科工贸相结合，努力把开发区建设成现代化、多功能、环境优美的工业港口新区和开放型的经济中心。
建区以来，开发区各项建设事业迅猛发展。截止2008年底，已有来自20多个国家和地区的400多家外资企业入区，累计实际利用外资23亿美元。韩国LG、日本夏普、德国博世西门子、美国邦基等世界500强在区内投资企业36家。在大力引进外资发展外向型经济的同时，开发区还积极承接南京城区的工业转移，熊猫电子、紫金电子、长江电子、华东电子、江南光电、金陵药业、凤凰传媒集团等国有大企业大集团以及圣和药业、佳通手机、大贺传媒、新华海等民营科技企业纷纷在开发区投资建厂。
2008年开发区共实现业务总收入1565亿元，工业总产值1501亿元，地区生产总值206亿元，财政收入40亿元，进出口总额121亿美元，合同利用外资金额2.64亿美元，实际利用外资2.57亿美元，新批千万美元以上外商投资企业数17个。2008年度，在商务部国家级经济技术开发区综合投资环境评比中，南京经济技术开发区综合排名列第10位；在省外经贸厅统计的全省123个省级以上开发区中列第5位，高居全市第一。开发区已连续数年被省、市评为“先进开发区”、“建设新南京有功单位”和“外向型经济工作优胜单位”。
2009年初，南京市委、市政府对栖霞区园区资源进行了重新整合，将栖霞经济开发区、三江口工业园、龙潭物流基地、仙林高科技产业园整体托管并入南京经济技术开发区，使开发区发展空间扩大到100平方公里，开发区站在了新一轮发展、“二次创业”的新起点上。
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