孝南区历史悠久，源远流长。2008年6月，湖北省考古研究所考古队会同孝感市、孝南区两级文物部门，在城郊朋兴乡叶庙村和七份村一带，发现一处鄂东北历史最早、规模最大的距今约5500年的新石器时代城址。

夏商周、秦汉晋时期。自夏商始设建置，属古荆州地。春秋战国为楚地。秦属南郡。三国时在魏境，属江夏郡。

南北朝时期。宋孝武帝（刘骏）孝建元年（公元454年），因弘扬孝道，推行“以孝治国”，析安陆县东境置孝昌县，隶荆州，属江夏郡。南齐分司州之义阳郡为南北，孝昌隶司州，属南义阳郡。梁天监三年（公元504年），为孝昌县，寻改平阳县，隶义州，属汝南郡、安陆郡。西魏大统十六年（公元550年），为京池县，寻改孝昌县，后又改孝昌为岳山郡，置岳州。北周武成元年（公元559年），省岳山郡，入安陆郡；建德元年（公元572年），隶襄州，郧州总管，置董城郡、澴岳郡，复置岳山郡。

隋唐时期。隋开皇三年（公元583年），废岳州及岳山、澴岳等郡，复置孝昌县，属荆州；大业元年（公元605年），省孝昌入安州，隶安州总管，属安陆郡。唐武德元年至四年（公元618年—621年），诏天下改郡为州，置孝昌县，隶安州总管府，属澴州；贞观元年（公元627年），分天下十道，仍置孝昌县，隶淮南道都督府，属安州；至德二年（公元757年），县沿孝昌，隶山南东道，属安州；乾元二年（公元759年），孝昌复隶淮南道都督府，属安州；宝应元年（公元762年），孝昌属沔州，寻复属安州，仍隶淮南道都督府；贞元二年（公元786年），改置澴阳县，寻改孝昌县，置观察使于安州，隶山南东道，属安州；元和元年（公元806年），孝昌隶武昌节度，属安州，三年后省孝昌入云梦县地，仍隶武昌节度，属安州；咸通元年（公元860年），复置孝昌县，隶属沿前。

五代时期。后梁开平三年（公元909年），孝昌隶宣威军、安远军，属安州。后唐庄宗（李存勖）同光二年（公元924年），为避皇祖国昌讳，又因董永卖身葬父、孝感动天，改孝昌为孝感，隶安远军，属安州。后晋开运元年(公元944年)，改安州安远军为防御州，仍属安州。后汉天福十二年（公元947年），复以防御州为安远军。后周广顺元年(公元951年)，又以安远军为防御州。

宋元明清时期。北宋建隆元年(公元960年)，孝感改隶荆湖北路，仍属安州；天圣六年(公元1028年)，又改隶荆西路，属安州安远军节度；庆历元年(公元1041年)，孝感复隶荆湖北路，属安州；宣和元年(公元1119年)，改安州为神宗潜邸，升为德安郡，孝感直接隶属德安郡。南宋建炎四年(公元1130年)，徒孝感县治于紫资砦，隶安陆镇抚使，属德安郡；绍兴三年(公元1133年)，孝感复隶荆湖北路，属德安郡；嘉定十五年(公元1222年)，以随州之三关置黄岘关使，孝感隶黄岘关使，属德安府；咸淳五年(公元1269年)正月，诏徙德安府治于汉阳城头山，隶安州，属德安府。元至元十六年(公元1279年)，复从城头山徙还府治，从紫资砦迁还县治，孝感隶荆湖北道宣慰司，仍属德安府；至元十八年(公元1281年)，罢宣慰司，德安直柰鄂州行省为散府；至元二十九年(公元1292年)，德安仍为散府，置军民屯田万户府，孝感改隶河南行省，属德安府；至元三十年(公元1293年)，孝感改隶黄州路，仍属德安府；至元三十一年(公元1294年)，改万户府为总管府；至治元年（公元1321年），孝感改隶山南北道中兴路，属德安府。明洪武元年（公元1368年），孝感隶湖广行省，属德安府；洪武九年(公元1376年)，降德安府为州，孝感此时为德安州地，隶武昌府；洪武十三年(公元1380年)，复升德安州为府，又置孝感县，隶湖广布政司，属德安府；建文元年(公元1399年)，置武昌道，领武汉黄德四府，孝感此时隶武昌道，属德安府；嘉靖十八年(公元1539年)，孝感隶荆西道，属德安府。清顺治二年至雍正六年(公元1645—1728年)，名号隶属悉沿旧制；雍正七年(公元1729年)，总督迈柱题请改孝感县隶湖北省汉阳府。��

中华民国时期。民国元年(公元1912年)，废府存县，孝感隶湖北省，属江汉道。民国16年(公元1927年)，又废道直辖于省，孝感隶湖北省，属第五行政督察区。民国22年(公元1933年)，划县北境七、八两区(芳畈、二郎店、大新店、三里城等地)入礼山县。其间：1930年，建立苏维埃政权；1931年，中部、北部建鄂豫皖苏区，设孝感县革命委员会、陂孝北县，南部塘口、卧龙、龙店划湘鄂西苏区；1939年10月，建立孝感县抗日民主政府；1942年8月，鄂豫皖边区重新划归县辖区，孝感则分别划归5个县管辖，即礼南县(孝感北部地区)、安应县(京广铁路以西、襄花公路以北地区)、云孝县(京广铁路以西、襄花公路以南地区)、汉孝陂县(南部湖泊地区)等；1947年12月，建孝感县人民民主政府。

中华人民共和国时期。1949年，新中国成立后，隶湖北省，属孝感专署，后沦河以南辛安渡等地划归武汉市。1959年2月14日，国务院决定，将孝感专区划归武汉市领导，孝感也随着隶湖北省，属武汉市。1961年6月，恢复孝感专区，孝感隶湖北省，属孝感专区。1966年9月，将孝感县改为东风县，隶湖北省，属孝感专区。1969年2月2日，经省“革委会”同意，将东风县革委会改为“孝感县革委会”，隶湖北省，属孝感专区。1984年根据国函〔1983〕164号文件，撤销孝感县，设立县级孝感市，以孝感县的行政区域为孝感市的行政区域，从1984年1月1日始启用孝感市印章，隶湖北省，属孝感行署。1993年4月，撤销孝感地区，设立地级孝感市，将原县级孝感市一分为二，其北部设立孝昌县，南部设立孝南区，隶湖北省，属孝感市。