青芝寺位于福建省连江县城南约10公里的青芝山。青芝山在连江县官司头镇,原名“百洞山”。山上多奇石怪洞,因产灵芝得名青芝山。前人有诗赞:“寺产灵芝闻海外,山称百洞重江南。”此山开辟于明万历天启年间(1621-1627年)。经历代修建已成一大名胜风景区。山中的松、岩、峰、峦、泉、洞,天然成趣。山水秀丽,有“一百零八景”之称,其中较著者有五峰、十洞、十六岩、三十五石及一湖、三泉、三台、三室。山中青芝寺,建于明万历年间(1573-1620年),由朝廷董尚书主持兴建。清光绪十三年(1887年)重建后殿,1934年林森重修前殿。外观似西式楼房,内部则是中国传统建筑的殿宇,风格别致。四周有梅花楼、松风阁、啸余庐、藏骨塔、第一亭、半山腰、栩园、慕园、观光亭、同乐亭等亭台楼阁十余处;并有数十处古代崖刻,有篆、隶、楷、行、草等字体,以明朝万历年间宰辅叶向高的草书诗刻最为著名。
青芝寺著名的祖师为觉非禅师,传承法系为临济宗。寺院现存主要佛教建筑有中西合璧风格的大雄宝殿、大悲楼、观音大士殿、玉佛洞、三圣殿等。该寺最重要的文物是由一整棵楠木雕刻的佛像及九世班禅送给林森先生供奉的白玉佛,均被寺僧视为镇山之宝。
本寺自明朝建寺以来,一直只有一二僧人住持。光绪年间,兴福禅师兴建大士殿,僧人多至十五人,后渐衰落。至1984年10月,界修法师从中国佛学院毕业后住持青芝寺,兴建东西两客堂,住僧十五人,1990年,界贤法师应界修法师之邀前来住持青芝寺,先后盖起大悲阁、选贤楼、玉佛阁等,住众二十人。