马尾历史悠久，是中外闻名的贸易港口、著名的侨乡、中国近代海军的摇篮、中国近代航空事业的发源地、中法海战的古战场。自1982年成立马尾区、1985年起经国务院批准成立福州经济技术开发区后，经过20多年的开发建设，昔日古港小镇今已发展成为集国家级开发区、保税区、台商投资区、科技园区、显示器件产业园、出口加工区、生态工业园区、国家科技兴贸出口创新基地等特殊经济功能于一体的产业聚集突出的外向型工业园区和创新型和谐社区。

    马尾名称的由来，据《闽县乡土志》闽东下游浮礁若马，礁西马头江、礁东马尾江，旧镇在马尾江边，才叫马尾，又称马江。马尾历史悠久，东汉光帝建武元年（公元25 年）各地商船经过马尾来往福州，开始了水上贸易，马尾一带人口渐繁。五代闽王王审知发展对外贸易，初步开拓了马尾港。明宪宗成化十年（1474年）市舶司从泉州移设福州，琉球商人纷纷经马尾赴榕，马尾港的地位更为突出。

    1840年鸦片战争，中国被迫开辟五口通商。福州是五口之一，各国兵商船来福州均停泊于马尾港。1866年，洋务派在马尾创办船政，聘法国人建厂制造轮船，次年创办船政学堂，马尾成为我国近代科技队伍萌生和形成的基础。1884年8月23日，马尾爆发了中法海战，法舰发起突袭，我海陆官兵及民众奋起抗战，谱写出可歌可泣、气壮山河的篇章！1949年8月16日中国人民解放军第十兵团第三十一军全歼马尾港守敌，宣告马尾区解放，从此马尾历史翻开了新的一页。

    马尾，民国初叫马江镇，解放前属林森县第二区，设马江镇公所。1951 年设马尾镇人民政府，属闽侯县第三区公所。1982年8月28日设马尾区， 辖马尾镇（1984年改为马尾街道）、马尾公社（1984年4月改为马尾乡，1994年3月21日撤乡建镇）直属福州市。1995年12月15日马尾街道更名为罗星街道。1996年1月1日，福州市辖区行政区划调整，马尾区辖罗星街道和马尾、亭江、琅岐三镇，面积从原来的76平方公里扩大到274平方公里， 2000年琅岐设立经济区。2003年2月27日新增魁岐等5个村。据区国土资源局统计，2006年末全区土地面积189.96平方公里。至2006年末马尾区辖罗星街道和马尾、亭江两镇，全区户籍人口9.26万人，12个社区，35个村委会。   

    1984年4月在马尾设立经济技术开发区，首期开发面积4.4平方公里，后经国务院批准，1985年1月23日，正式设立福州经济技术开发区。1989年5 月国务院批准在福州经济技术开发区设立福州台商投资区，面积1.8平方公里。1991年3月国务院批准设立福州高新技术产业开发区马尾科技园。1992年11月19 日国务院批准在马尾设立福州保税区，面积1.8平方公里，1993年1月18日正式运营。1993年1月，国务院批准福州经济技术开发区沿闽江北岸向快安延伸，面积扩大至10平方公里。1993年1月1日，马尾区与福州开发区“两区合一”，实行两块牌子、一套行政机构。区内的福州港于1996年8月经交通部批准作为海峡两岸定点直航试点口岸。2005年1月24日，商务部、国土资源部批准福州开发区在原有10平方公里的基础上，再扩大13平方公里，其中长安投资区6平方公里、琅岐2平方公里、林浦5平方公里。2005年5月16日，福州经济技术开发区获信息产业部授牌，成为首批“国家显示器件产业园”。2005年6月3日，经国务院批准，在长安投资区内设立福州出口加工区，总用地1.14平方公里，并于2006年12月22日顺利通过国家九部委验收。2006年10月24日，国家级生态工业园获批启动建设。2006年12月4日，福州经济技术开发区被商务部和科技部授予第一批18个“国家科技兴贸出口创新基地”。