芗城区位于福建省东南部，九龙江下游漳州平原地带。区境地势西北高，东南低。西北系博平岭东翼余脉，属侏罗系南园组火山岩组成的山 地丘陵。最高峰天宝山的三尖峰，海拔高度928.8米，与五凤（峰）山（775米）、金沙大岭 （574．6米）连绵形成天然屏障。东南地势平坦。九龙江西溪与北溪夹峙区境而过，形成冲积平原。区境南北长25.l公里，东西宽23.4公里。土地总面积264.59平方公里。其中山地50.33平方公里，占19.02％；丘陵125.76平方公里，占47.53％；平地84.59平方公里，占31.97％；低洼地3.91平方公里，占1.48％。

　　区内属南亚 热带海洋性季风气候。春夏多偏南风，秋冬多偏北风。由于地形影响，市区全年盛行东南偏东风，多年平均年风速1.7米／秒。大风日数6.8天。年平均气温21.1℃。全年日照2060小时。无霜期为330天～319天。全年雨量1450毫米～1612毫米左右。平均相对湿度 79％。适宜发展热带、亚 热带作物。

　　区境河道纵横，池塘密布，水源丰富。主要水系有流经区境的九龙江西溪和北溪。西溪 区间溪长22.7公里，北溪区间溪长19.1公里。有流经五凤、过塘入宝新渠道的畸下溪。有市区环城河、诗浦人造河、塘头河、鳌浦大湖、墨溪大湖等。还有大小池塘、井、渠遍布郊区。水资源年平均可达121.3亿立方米，为工农业发展提供有利条件。土壤资源主要是水稻土、砖红壤性红壤、红壤和冲积土4大土类、13个亚类，土壤肥 力属中等水平。

　　由于气候适宜，野生动、植物资源丰富。现存有南亚 热带雨林、亚 热带针叶林、落叶阔 叶林、亚 热带灌丛、亚 热带草丛、竹林和沼泽水生植物等7个基本类型。苔藓植物51科81种，藻类植物14科20属23种。裸子植物5科5属12种，被子植物104科311属454种。野生动物有兽类7目19科31种；飞禽类有11目31科67种。水生动物中鱼类15科44属47种；两栖类有13种；爬行类9科28种。

　　矿藏有建筑用花岗岩、砖瓦粘土、高岭土、河沙、泥煤、耐火粘土等。还有丰富的饮用天然矿泉水。特别是地下热水分布城乡，资源储存量达 15063×1515千卡，相当于 21518.39万吨标准煤。